php_value include_path ".:/home/test/public_html/lib/PEAR"

複数ある場合　UNIXはコロン「:」で連結します。
※Winはセミコロンだそうです。

php_value include_path ".:/home/sample/public_html/lib/PEAR:/home/sample/public_html/lib"	

phpの定数 PATH_SEPARATORは「:」を返すそうです。